สมาชิกสามารถ เข้าสู่ระบบ NEPTUNE999 ผ่านเมนูด้านบนหรือหน้าทางเข้าเล่น ตรวจสอบโดเมนให้ถูกต้อง จากนั้นกรอกชื่อผู้ใช้และรหัสผ่านในช่องที่กำหนด หากใช้อุปกรณ์ส่วนตัวสามารถให้เบราว์เซอร์จำชื่อผู้ใช้ได้ แต่ไม่ควรบันทึกรหัสผ่านบนเครื่องที่ใช้ร่วมกับผู้อื่น
ใช้เมนูกู้คืนรหัสผ่านจากหน้าล็อกอินและกรอกข้อมูลที่ผูกกับบัญชี หากไม่ได้รับรหัส ให้ตรวจโฟลเดอร์ข้อความไม่พึงประสงค์ สัญญาณโทรศัพท์ หรือรอสักครู่ก่อนขอใหม่ ไม่ควรกดขอรหัสต่อเนื่องหลายครั้ง หากบัญชีถูกล็อกให้ติดต่อฝ่ายช่วยเหลือผ่านช่องทางบนเว็บไซต์
ตั้งรหัสผ่านที่ยาวและไม่ซ้ำ ตรวจประวัติรายการเป็นระยะ และออกจากระบบเมื่อใช้งานเสร็จ หากพบการเปลี่ยนแปลงข้อมูลหรือรายการที่ไม่รู้จัก ให้หยุดทำรายการ เปลี่ยนรหัสผ่าน และขอให้เจ้าหน้าที่ตรวจสอบโดยเร็ว
NEPTUNE999 จะไม่จำเป็นต้องขอรหัสผ่านหรือ OTP ผ่านการสนทนาทั่วไป ผู้ที่ร้องขอข้อมูลดังกล่าวควรถูกมองว่าเป็นความเสี่ยงจนกว่าจะยืนยันได้จากช่องทางทางการ